Die Flora Zypern ist reich an Pflanzenarten. Viele davon sind nur auf dieser Insel heimisch. In der Antike war die Insel dicht mit Wäldern bedeckt, diese wurden jedoch zur Kupferverarbeitung und später zum Bau von Schiffen abgeholzt. Die Brände auf Grund der großen Trockenheit vernichteten weitere Flächen. Der Bestand an Pflanzen ist aber vom Wasser abhängig und der ständige Wassermangel erschwert die Neubepflanzungen, trotzdem wird ständig aufgeforstet.
Zypern ist heute trotz seines warmen Klimas eine grüne, waldreiche Insel. Im Troodosgebirge wachsen Aleppokiefern, Steinpinien, Platanen, Zedern und Eichen und in den mittleren Höhen des Gebirges gibt es zahlreiche Obstbäume wie Äpfel-, Birnen-, Pfirsich-, Mandel- und Nussbäume sowie zahlreiche Weinfelder. Überall aber wachsen Oliven- und Johannisbrotbäume.
Die Salzseen der Insel haben eine eigene Vegetation widerstandsfähiger Pflanzen gegen das Salz hervorgebracht. Hier wachsen der strauchige Queller, die Strandmelde und die Artischokendistel.
Auf der Akrotirihalbinsel, kurz vor Limassol, gibt es die größten Orangen- und Grapefruchthaine. Im Südosten der Insel liegt der „Gemüsegarten“ Zyperns mit Kartoffeln, Auberginen, Tomaten, Gurken und Zwiebeln und anderen Gemüsearten. Im Nordwesten dagegen wachsen besonders Feigen und Granatäpfel. Und im Südosten, bei Pafos, gibt es riesige Banananplantagen.
Die bunteste Zeit des Jahres ist das Frühjahr, da bedeckt die ganze Insel ein Blumen- und Grasteppich. Es blühen vor allem Anemonen, Narzissen, Gladiolen, Iris, Goldwurz, Tulpen und Klatschmohn und über 40 Orchideenarten. Im Herbst dagegen, wenn der erste Regen gefallen ist, blühen die Traubenhyazinthen, der Weihnachtsstern und Hahnenfuß. Die Bouganvilla aber blüht das ganze Jahr, am verschwenderischsten im Sommer.
In der Vergangenheit lebten auf Zypern Tiere, wie Wildschweine, Rehe, Kirsche, Wildpferde u.a., die heute ausgestorben sind.
Die geografische Lage Zyperns begünstigt aber die Anzahl und Art der Vögel, da Zypern jährlich von Millionen Zugvögeln besucht wird. Einige bleiben nur kurz, andere, wie die Flamingos, Wanderdrossel und die Singdrossel, verbringen hier den Winter. Die Flamingos sieht man vom November bis zum März besonders an den Salzseen von Larnaka und Akrotiri. Raubvögel wie der Kaiseradler, Geier oder Turmfalke sieht man kaum noch, sie fielen zumeist den Jägern zum Opfer, die immer noch auf die Waldschnepfen, Wachtel und den Fasan Jagd machen. Die heutige Vogelwelt besteht aus ca. 340 Vogelarten. Das vogelreichste Gebiet sind die Wälder des Troodos. Dort findet man den Buchfink, den Fichtenkreuzschnabel, das zyprische Rebhuhn, die Nachtigall, den Seidensäger und viele andere Arten und auch die letzten Mönchgeier und Kaiseradler.
Die Insel ist auch reich an Insekten. Allein die Schmetterlinge kommen in fast 50 verschiedenen Arten vor, Man vermutet, dass im Frühling Schwärme von Schmetterlingen auf ihrem Weg von Afrika nach Südeuropa auf Zypern rasten.
In den Wäldern der Insel leben eine Vielzahl kleinerer Tiere wie Füchse, Hasen, Eichhörnchen und Wiesel, oder die zypriotische Maus, eine einheimische Spezies.
An der Küste der Insel gibt es viele Fledermäuse und in den Berggebieten Reptilien, Frösche, Kröten, Eidechsen und Schlangen.
Die Schlangen und Eidechsen fühlen sich in dem zyprischen Klima heimisch. Eine der am häufigsten auftretenden Schlangenart ist die schwarze Natter. Sie ist eine der längsten Europas, aber harmlos. Aber es gibt auch gefährliche Giftschlangen, so die Levante Natter.
Im Meer um Zypern leben Seeigel, Seesterne, der Schwertfisch, die Meerbarbe und Tintenfische, Oktopusse, Krabben und viele andere. Der über die Jahre übermäßige Fischfang hat den Bestand an Fischen stark reduziert.
Um die Natur der Insel zu schützen, wurde der Akamas im Westen der Insel zum Reservat erklärt und das „Lara Projekt“ vom World Wildlife Fund, das Ende der 70 er Jahre gegründet wurde, soll die Tiere schützen. Besonders die Schildkröten, sie legen an den Küsten im Nordenosten und im Südwesten der Insel - auf Akamas, in der Bucht von Lara, Anfang Juni, ihre Eier nachts am Strand ab. Zu dieser Zeit ist es verboten, sich in der Nacht dort mit Licht aufzuhalten um die Schildkröten bei der Eiablage nicht zu stören. Naturschützer umgeben die Eiablage für die 7-8 Wochen der Brutzeit mit Käfigen und Draht. Die weiblichen Schildkröten kehren alle 15 bis 30 Jahre an ihren Geburtsplatz zur Eiablage zurück. Um die Überlebenschancen der kleinen Schildkröten zu steigern, werden viele in einer Aufzuchtsstation gehalten, bis sie die Größe haben, um besser überleben zu können.
Das bekannteste Säugetier der Insel ist das Mufflon. Es wurde zum Symbol der zyprischen Luftfahrt stilisiert. Das Mufflon ist ein scheues Wildschaf, sehr flink und ein ausgezeichneter Kletterer. Die Männchen ragen ein sehenswertes Gehörn. Durch drastische Strafen wurde der Naturschutz des Mufflons durchgesetzt, so dass heute wieder ca. 800 Mufflons im Troodos leben. Im Naturpark in Psokas kann man diese scheuen und seltenen Tiere beobachten.
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